Свято-Никольский мужской монастырь расположен практически в центре Саратова, среди плотной городской застройки. Но это в наше время, а в середине XIX века здесь были городские окраины, где неподалеку от железнодорожной станции Саратов-II появились дома работников железной дороги, больница и там же было решено построить школу для детей железнодорожников. Таким образом, нынешнее здание монастыря, в котором под одной крышей расположились и храм, и кельи, и все монастырские помещения, изначально строилось как приходская церковь при которой имелись мужское и женское двухклассные училища и техническое железнодорожное училище.
Постройка каменной церкви-школы для детей железнодорожных служащих станции Саратов-II была приурочена к памяти бракосочетания Их Императорских Величеств Государя Императора Николая Александровича и Государыни императрицы Александры Федоровны на средства, пожертвованные Рязанско-Уральской железной дорогой и ее служащими. Строительство было начато в 1896 году по проекту знаменитого саратовского архитектора Петра Митрофанович Зыбина (1857–1918). И уже 25 июля 1898 года последовало торжественное освящение новопостроенного храма. Престолов в храме было два — во имя святителя Николая, архиепископа Мирликийского Чудотворца, и во имя святой мученицы царицы Александры Римской. В штате причта состояли священник и псаломщик-диакон, квартира причта с отоплением и освещением предоставлялась от общества РУЖД.
3 августа 1923 года комиссией Губисполкома храм был закрыт. Рязанско-Уральская железная дорога была национализирована. Здание церкви-школы сохранилось, были лишь сняты кресты с купола и звонницы и снесена маковка с купола храмовой части. Сам купол уцелел благодаря техническому новшеству, примененному при строительстве храма: по проекту П. М. Зыбина купол был сделан железобетонным монолитом, и разрушить его можно было только взорвав. Однако при взрыве неминуемо пострадала бы и остальная часть здания, что было сочтено нецелесообразным. В результате внешний облик храма практически не изменился, хотя само строение серьезно обветшало за время бездумной эксплуатации. В здании бывшей церкви-школы размещались поочередно фабрично-заводское училище, ремесленное училище, общежитие, СПТУ-4, ПТУ-33. Но Богу так было угодно, чтобы после безбожных лет, в конце XX столетия именно здесь расположился новый городской мужской монастырь.
В середине 1990-х годов в Саратовской епархии не было ни одного мужского монастыря. Действовавший до Революции исторический Спасо-Преображенский мужской монастырь, был ликвидирован еще в 30-е годы и на его территории расположилось одно из саратовских военных училищ. Назрела необходимость учреждения монастыря и для его размещения было выбрано здание бывшего профтехучилища.
21 декабря 1991 года была зарегистрирована община храма во имя святителя Николая, архиепископа Мир Ликийских. Храмовую часть, в которой находился спортзал Саратовского совета физкультурно-спортивного общества «Юность России», формально возвратили Саратовской епархии 5 августа 1993 года. 14 марта 1994 года, в первый день Великого Поста, приходской совет принял храм святителя Николая. 24 апреля 1994 года, в Неделю ваий, Преосвященный Нектарий (Коробов; †1994), епископ Саратовский и Вольский, совершил освящение восстанавливаемого храма и первую Божественную литургию
Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II благословил открытие в Саратове мужского монастыря, и постановлением Священного Синода от 25 декабря 1997 года было преподано благословение на преобразование Свято-Никольского прихода г. Саратова в Свято-Никольский мужской монастырь. 5 июня 2000 года согласно распоряжению губернатора Саратовской области здание монастыря было признано памятником архитектуры и градостроительства местного значения.
По окончании капитальной реставрации монастыря, 14 ноября 2012 года Митрополит Саратовский и Вольский Лонгин совершил Великое освящение храма Свято-Никольского мужского монастыря г. Саратова.
В монастыре находится особо чтимая верующими икона святителя Николая, пожертвованная в Никольский храм в середине 1990-х годов. Для нее в 2005 году были изготовлены новые риза и киот. Рядом с чтимой иконой в ковчеге находится частица мощей святителя Николая. В 2004-2012 годах был написан ряд икон, в которые были вложены частицы мощей святых угодников Божиих: святителя Иоанна Златоуста, преподобного Павла Фивейского, Санаксарских подвижников преподобного Феодора, праведного воина Феодора (Ушакова) и преподобноисповедника Александра, святителя-песнотворца Афанасия (Сахарова), преподобномученика Никиты Столпника, преподобного Амвросия, старца Оптинского, и одного из святых отцов, убиенных в 796 году в Лавре Саввы Освященного.
Богослужения в монастыре совершаются ежедневно. В будние, в воскресные и праздничные дни литургия начинается в 7.40. Вечернее богослужение ежедневно начинается в 16.45. Храм открыт с 6.00 до 21.00, в храме дежурит священник. Читаются акафисты (во время вечернего богослужения) по четвергам святителю Николаю Чудотворцу, по воскресеньям Пресвятой Богородице.
В монастыре созданы мастерские: иконописная, столярная и швейная. Действует детская воскресная школа и детский хор, который поет за ранней Божественной Литургией по воскресным дням и великим праздникам. В воскресной школе для взрослых изучается Закон Божий, Катехизис и история Церкви.
Монастырь оказывает материальную помощь многодетным семьям. Осуществляется духовное окормление и преподавание курса «Основ православной культуры» в средней общеобразовательной школе № 45. Осуществляется духовное окормление персонала и больных Областной туберкулезной больницы.